اداره کل توسعه و ترویج فعالیت های قرآنی در سال ۱۳۸۰با موافقت اصولی از سازمان مدیریت و برنامه ریزی مشروط به تدوین شرح وظایف و پیشنهاد نمودار سازمانی شروع بکار می کند، اما با استفاده از امکانات وزارت خانه و موسسات تابعه ادامه می دهد و نسبت به تدوین شرح وظایف و نمودار سازمانی اقدام نمی شود. با توجه به این که وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی بخشی از وظایف خود را در این حوزه به صورت موقت واگذار کرده بود و اعتبار حمایتی از موسسات نیز بسیار ناچیز پیش بینی شده بود و آن هم در لایحه بودجه کل کشور تعلق به چند موسسه داشت عملا به جز برگزاری نمایشگاه قرآن کریم - آن هم به عنوان دبیرخانه برگزاری نمایشگاه – فعالیت قابل ذکری در این اداره کل انجام نمی شده است،به طوری که بنابر مدارک موجود از اواسط سال ۱۳۸۳ تقریبا فعالیت ها متوقف بوده است.
با عنایت به این که دولت نهم اساس و مبنا را تقویت بنیان های دینی جامعه و حاکمیت ارزش ها و معارف الهی و در راس آن آموزه های قرآن کریم و سیره خاندان وحی علیهم صلوات الله قرارداد، به این دو یادگار گرانسنگ پیامبر اعظم (ص) توجه مسولیت عظیم برد وبا تمام توان برای ادای دین و انجام تکلیف اعلام آمادگی کرد.
بر این اساس اداره کل که در شرف تعطیلی بود جان تازه ای گرفت و جایگاه ویژه ای در حوزه وزارتی یافت، و با پیگیری های مستمر، شرح وظایف و ساختار آن به تصویب سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور رسید و ارتقای سطح سازمانی به مرکز هماهنگی، توسعه و ترویج فعالیت های قرآنی کشور تغییر نام داد و از جایگاه سازمانی تحت اشراف معاونت فرهنگی به حوزه وزارتی منتقل شد. همچنین دفتر نمایندگی مرکز در ادارات کل و ادارات فرهنگ و ارشاد اسلامی استان ها و شهرستان های سراسر کشور تاسیس شد.
با توجه به رویکر دولت دهم، نمودار سازمانی مرکز و ادارات کل و ادارات شهرستان ها به مبنای مشارکت حداکثری مردم و موسسات مردمی و ورود حداقلی دولت در حوزه اجرا تدوین و به تصویب رسید. بر این اساس به جای راه اندازی تشکلیاتی وسیع و گسترده و ورود به عرصه های اجرای، سیاست استفاده از نخبگان قرآنی کشور در شوراها و کمیته های تخصصی اجرا شد. به طوری که اکنون ده ها از نفر از خبرگان هر حوزه و شوراهای آموزش و کارگروه های هفت گانه آن، شورای پژوهش، شورای تبلیغ و ترویج، شورای تفسیر، شورای برنامه ریزی نمایشگاه های بین المللی و استانی، شورای نظارت بر ترجمه قرآن کریم م متون دینی و اداره قرآن صاعد و حدیث و مجموعه جشنواره های قرآنی آیات بصورت فعال همکاری دارد. مضافا وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی تصمیم گرفت که وظایف واگذار شده را نیز برگردانده و به آنها بپردازد.